【目的】水稻种子耐储性对种质资源保护、粮食安全和可持续发展具有重要意义。本研究旨在挖掘控制水稻种子耐储性的QTL,并探索不同老化方式下耐储性的遗传基础。【方法】以籼稻93-11为背景的131个尼瓦拉野生稻渗入系为材料,分别采用自然老化和人工老化处理,测定发芽率进行QTL定位。通过转录组测序比较携带qASS1.1/qNSS1.1野生稻等位基因的耐储材料Ra32与不携带增效等位基因的不耐储材料Ra146,筛选差异表达基因(Differentially expressed genes, DEGs),并通过GO和KEGG分析挖掘候选基因。【结果】共检测到6个耐储性QTL,分布在1、3、6、7、9号染色体上,每个QTL可解释3.3%~21.0%的表型变异。其中,主效QTL qASS1.1/qNSS1.1在两种老化处理中均稳定检测到,且野生稻等位基因显著提高种子耐储性。转录组分析共鉴定出人工老化下2077个DEG、自然老化下1468个DEG,两种处理下共有733个DEG。GO富集和KEGG代谢途径分析显示,人工老化下DEG可富集到1428个GO条目和97个代谢途径;自然老化下分别为1199个条目和85个代谢途径。在最显著富集的10个生物学过程和30个代谢途径中,昼夜节律调控翻译和过氧化氢分解过程等生物学过程以及MAPK信号传导通路、细胞分裂素生物合成、组氨酸代谢、抗坏血酸和醛糖酸代谢等代谢是两种老化处理共有的富集通路,表明种子耐储性可能受抗氧化系统调控、能量代谢及种子储藏物质积累等机制影响。基于这些富集通路,经RT-qPCR验证,初步筛选到主效QTL qASS1.1/qNSS1.1的5个候选基因,包括Os01g0842400与Os01g0842500(编码漆酶前体蛋白)、Os01g0847800(编码醛酮还原酶家族蛋白)、Os01g0855900(编码CDC6-DNA复制起始蛋白)和Os01g0860400(编码糖基水解酶)。【结论】本研究挖掘到耐储性QTL并筛选出多个候选基因,揭示了不同老化处理下水稻种子主要通过调节抗氧化防御、维持细胞稳定性和代谢过程来提高其耐储性,为水稻耐储性改良提供了新的基因资源和理论支持。