【目的】疣粒野生稻是稻属中唯一的旱生且保存较多原始性状的耐荫野生稻。本研究旨在丰富疣粒野生稻的遗传基础,为疣粒野生稻优异基因的载体构建提供信息参考。【方法】采用二代测序技术对云南疣粒野生稻叶绿体基因组进行测序、组装和注释,进而运用RStudio和MEGA分析其密码子偏好性及系统发育。【结果】疣粒野生稻叶绿体基因组全长135,937 bp,总GC含量39.0%,有效密码子(ENC)平均值为48.09,密码子偏好性较弱;ENC-plot、PR2-plot及中性绘图分析显示选择压力对疣粒野生稻叶绿体基因组密码子偏好性有重要决定作用,且密码子偏好性主要调控自我复制与光合系统相关基因;共鉴定出16个优势密码子,其中14个以A/U结尾,2个以G/C结尾;通过系统发育分析明确了疣粒野生稻叶绿体基因组与短药野生稻的亲缘关系较近。【结论】本研究丰富了疣粒野生稻基因组的基本组成和遗传信息,为水稻优异光合基因挖掘及物种进化研究奠定了基础。