中国水稻科学
     首页  |  期刊介绍  |  编 委 会  |  投稿指南  |  期刊订阅  |  广告服务  |  留言板  |  联系我们  |  English
中国水稻科学  2006, Vol. 20 Issue (4): 355-360     DOI:
研究报告 最新目录 | 下期目录 | 过刊浏览 | 高级检索  |   
利用基因组文库加速Xa23基因定位的染色体步移
王春连1,2 ; 陈乐天3;曾超珍1,4 ;张群宇3; 刘丕庆4;刘耀光3;樊颖伦1,2;章琦1
1中国农业科学院 作物科学研究所/农业部作物遗传育种重点实验室, 北京 100081; 2中国农业科学院 农作物基因资源与基因改良国家重大科学工程, 北京 100081; 3 华南农业大学 生命科学学院, 广东 广州 510642; 4 广西大学 农学院, 广西 南宁 530005; 5 国际水稻研究所中国办事处, 北京 100081; * 通讯联系人, E-mail:zhaokj@mail.caas.net.cn
Chromosome Walking for Fine Mapping of Xa23 Gene Locus by Using Genomic Libraries
Wang Chun-lian; Chen Le-tian;Zeng Chao-qun;Zhang Qun-yu;LIU Pi-qing;LIU Yao-guang; Fan Ying-lun; Zhang Qi
 全文: PDF (396 KB)   HTML (1 KB)   输出: BibTeX | EndNote (RIS)      背景资料
摘要 用距离水稻抗白叶枯病基因Xa23 0.8 cM的EST标记C189,扩增Xa23的近等基因系CBB23的基因组片段(0.8 kb)为探针,筛选水稻明恢63的TAC文库和广陆矮4号的PAC文库,对获得的7个阳性克隆用酶切法和TailPCR法进行末端片段分离,获得15个末端片段, 用于感病亲本金刚30和抗病亲本CBB23之间的多态性检测,发现7个末端片段在双亲间有多态性,分别为69B、70N、81N、45B、45N、84N和84B。用这些末端片段作RFLP标记,对金刚30/CBB23的F2群体进行检测和连锁分析,结果表明这些标记与Xa23的遗传距离依次为0.4、0.4、0.4、0.5、0.6、0.6和1.1 cM。虽然69B、70N和81N与Xa23的遗传距离均为0.4 cM,但序列比对揭示69B与70N的物理距离为35 kb,与81N为95 kb,69B距Xa23最近。三者与Xa23的遗传距离虽然相同,但物理距离存在很大差异。这些末端片段标记加密了Xa23基因一侧的遗传图谱,并使其遗传距离缩短到0.4 cM,加速了Xa23的定位进程,为Xa23的分离克隆奠定了重要基础。讨论了这种染色体步移方法的适用条件。
服务
把本文推荐给朋友
加入我的书架
加入引用管理器
E-mail Alert
RSS
作者相关文章
王春连
陈乐天
曾超珍
张群宇
刘丕庆
刘耀光
樊颖伦
章琦
关键词水稻白叶枯病   抗性基因   基因定位   TAC文库   PAC文库   染色体步移     
AbstractTo develop closely linked markers for the rice bacterial blight resistance gene Xa23,a TAC library of Minghui 63 and a PAC library of Guanglu′ai 4 were screened using the 0.8 kb PCR-product from rice near iso-genic line CBB23 as probe.The probe DNA was amplified with the primer of the EST marker C189 that is linked to Xa23 gene with a genetic distance of 0.8 cM.Fifteen insert-end-fragments from the obtained seven positive TAC and PAC clones were isolated by enzyme digestion or Tail-PCR.RFLP-Southern blotting analysis showed that seven of the 15 end-fragments displayed polymorphism between CBB23 and the susceptible recurrent parent Jingang 30.Consequently,individual plants from F2 population of(Jingang) 30/CBB23 were further RFLP-surveyed using the seven polymorphic end-fragments 69B,70N,81N,45B,45N,84N and 84B as probes.The results showed that 69B,70N,81N,45B,45N,84N and 84B were linked to the Xa23 gene with genetic distances of 0.4,0.4,0.4,0.5,0.6,0.6 and 1.1 cM,respectively.However,BLASTN analysis against the genome sequence of Nipponbare showed that the physical distances between Xa23 and 69B,70N and 81N were different even though the genetic distances were the same.The Xa23 gene locus was successfully fine mapped with the 7 end-fragment markers.The applicability of this chromosome walking strategy for other crops was discussed.
Key wordsrice bacterial blight   resistance gene   gene mapping   TAC library   PAC library   chromosome walking   
收稿日期: 1900-01-01;
引用本文:   
王春连, 陈乐天,曾超珍等. 利用基因组文库加速Xa23基因定位的染色体步移[J]. 中国水稻科学, 2006, 20(4): 355-360 .
Wang Chun-lian,Chen Le-tian,Zeng Chao-qun et al. Chromosome Walking for Fine Mapping of Xa23 Gene Locus by Using Genomic Libraries[J]. , 2006, 20(4): 355-360 .
 
没有本文参考文献
[1] 方云霞,宋修娟,彭友林,董国军,郭龙彪,曾大力,张光恒,颜红岚,钱 前,. 水稻皱曲叶突变体rtl1的遗传分析与分子定位[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(3): 261-266 .
[2] 范宏环,王林友,张礼霞,于 新,王 曦,金庆生,王建军. 通过分子标记辅助选择技术选育携有水稻白叶枯病抗性基因Xa23的水稻株系[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(3): 331-334 .
[3] 马健阳, 陈孙禄, , 张建辉, , 董彦君, 滕胜, . 一个水稻类病条纹斑突变体的鉴定和遗传定位[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(2): 150-156 .
[4] 殷得所,夏明元,李进波,万丙良,査中萍,杜雪树,戚华雄. 抗稻瘟病基因Pi9的STS连锁标记开发及在分子标记辅助育种中的应用[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(1): 25-30 .
[5] 郑加兴,马增凤,宋建东,刘驰,李永桃,黄大辉,韦绍丽,张月雄, 密克,黄金艳, 陈淼,蒙姣荣 ,李容柏,陈保善,. 普通野生稻苗期耐冷性QTL的鉴定与分子定位[J]. 中国水稻科学, 2011, 25(1): 52-58 .
[6] 宁永强,丁沃娜,朱世华,余红卫,於宏,陆开形 . 水稻短根突变体ksr1的遗传分析和基因定位[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(6): 652-654 .
[7] 曾宇翔,李西明,马良勇,季芝娟,杨长登. 水稻纹枯病抗性基因定位及抗性资源发掘的研究进展[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(5): 544-550 .
[8] 刘希玲,邹华松,邹丽芳,陈功友 . 水稻白叶枯病菌hrcU基因缺失突变体构建及功能研究[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(4): 348-352 .
[9] 侯丽媛于萍,徐群 , 袁筱萍,余汉勇,王一平,王彩红,万国彭锁堂魏兴华, . 两个水稻抗褐飞虱隐性基因的遗传分析与初步定位 [J]. 中国水稻科学, 2010, 24(4): 367-371 .
[10] 梁云涛,王春连,赖凤香,刘丕庆,王坚,傅强,赵开军,. 水稻抗褐飞虱基因Bph18(t)的STS标记开发及有效性验证
[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(3): 244-250 .
[11] 李超,林冬枝, ,董彦君叶胜海,张小明. 一个水稻苗期温敏感白色条斑叶突变体的遗传分析及基因定位[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(3): 223-227 .
[12] 吴季荣,范方军,杜景红,樊叶杨,庄杰云. 水稻第6染色体短臂谷壳硅含量QTL的分解[J]. 中国水稻科学, 2010, 24(1): 12-17 .
[13] 夏志辉,韩 飞,高利芬,袁潜华,翟文学,刘 迪,罗越华,. 利用功能标记鉴定普通野生稻中的白叶枯病抗性基因[J]. 中国水稻科学, 2009, 23(6): 653-656 .
[14] 张宏根,朱正斌,李 波,刘 超,汤述翥,梁国华,顾铭洪. 粳稻野败型细胞质雄性不育恢复系SWR78的恢复基因定位[J]. 中国水稻科学, 2009, 23(4): 377-382 .
[15] 郑家团,涂诗航,张建福,郑 轶,赵开军,张水金,谢华安,. 含白叶枯病抗性基因Xa23水稻恢复系的分子标记辅助选育[J]. 中国水稻科学, 2009, 23(4): 437-439 .
[16] 胡 江, 曾大力, 张光恒, 郭龙彪, 董国军, 高振宇, 胡兴明, 朱 丽, 刘 坚, 钱 前. 水稻矮化突变体ddu1的遗传分析和分子定位[J]. 中国水稻科学, 2009, 23(3): 252-256 .
[17] 方立魁, 桑贤春, 杨正林, 凌英华, 王 楠, 何光华. 一个水稻分蘖角度突变体tac2的遗传分析和基因初步定位[J]. 中国水稻科学, 2009, 23(3): 315-318 .
[18] 张锦文谭亚玲,洪汝科,范静华,罗琼曾千春. 高原粳稻子预44抗稻瘟病基因遗传分析和定位[J]. 中国水稻科学, 2009, 23(1): 31-31~35 .
[19] 张俊芝,刘 晓,李 超,肖 珂,董彦君. 光照敏感型水稻红根突变体遗传分析及基因的分子定位[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(6): 578-578~582 .
[20] 李进波,夏明元,万丙良,杜雪树,查中萍,喻大昭 ,戚华雄, . 一个水稻颖壳扭曲突变体的遗传分析与基因定位[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(6): 658-658~660 .
[21] 李亮杰,周海鹏,占小登,楚宗丽,程式华,曹立勇,. 一个水稻金黄色颖壳和节间基因的遗传定位[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(4): 432-434 .
[22] 敖雁,胡治球,汤在祥,王学枫,徐辰武. 多亲本杂交衍生的多个相关群体QTL作图的通用方法[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(4): 427-431 .
[23] 胡江,藤本宽,郭龙彪,曾大力,张光恒,董国军,王小虎,朱立煌,钱前,. 水稻抗倒力及相关抗倒伏性状的QTL分析[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(2): 211-214 .
[24] 杨健源,陈深,曾列先,李亦龙,陈珍,朱小源. 稻瘟病主效抗性基因对广东省籼稻稻瘟病菌的抗性评价[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(2): 190-196 .
[25] 占小登,樊叶杨, 程式华, 庄杰云, 曹立勇,. 水稻第6染色体短臂株高及产量性状QTL的分解[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(2): 137-142 .
[26] 吴家胜, 周鸿凯, 陈国波, 刘桂富,. 水稻单穗重和千粒重的QTL定位[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(2): 143-147 .
[27] 龚继平,吴方喜,吴跃进,郑家团,黄庭旭,王乌齐,张建福,谢华安,. 籼稻脂肪酶基因的遗传分析及定位[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(2): 125-130 .
[28] 黄佳男,王长春,胡海涛,马伯军,严成其,杨玲,. 疣粒野生稻抗白叶枯病新基因的初步鉴定[J]. 中国水稻科学, 2008, 22(1): 33-37 .
[29] 傅雪琳,卢永根,刘向东,李金泉. 利用种间杂交途径向栽培稻转移非AA组野生稻有利基因的研究进展[J]. 中国水稻科学, 2007, 21(6): 559-566 .
[30] 李培富,史晓亮,王建飞,刘超,张红生. 太湖流域粳稻地方品种黑壳子粳抗稻瘟病基因的分子定位[J]. 中国水稻科学, 2007, 21(6): 579-584 .
[31] 李亮杰,周海鹏,占小登,庄杰云,程式华,曹立勇. 水稻印尼水田谷型细胞质雄性不育恢复系R68的恢复基因初步定位[J]. 中国水稻科学, 2007, 21(5): 547-549 .
[32] 黄晓群王平荣,赵海新,邓晓建. 一个新的水稻叶绿素缺失突变基因的遗传分析和分子标记定位[J]. 中国水稻科学, 2007, 21(4): 355-359 .
[33] 朱丽,刘文真,吴超,栾维江,傅亚萍,胡国成,斯华敏,孙宗修. 水稻着丝粒附近一个淡绿叶突变相关基因的定位分析[J]. 中国水稻科学, 2007, 21(3): 228-234 .
[34] 王军,王宝和,周丽慧,徐洁芬,顾铭洪,梁国华,. 一个水稻新黄绿叶突变体基因的分子定位[J]. 中国水稻科学, 2006, 20(5): 455-459 .
[35] 陈彩虹,谭明谱郑伟黄小嫚 张端品林兴华,. 细菌性条斑病非寄主抗性基因Rxo1在水稻中同源序列的表达和遗传定位分析[J]. 中国水稻科学, 2006, 20(2): 131-136 .
[36] 李广贤,屠国庆, 张克勤, 姚方印,庄杰云,. 应用微卫星标记定位水稻恢复系密阳46的主效和微效恢复基因[J]. 中国水稻科学, 2005, 19(6): 506-510 .
[37] 刘明伟 ,刘勇,王世全,邓其明,李平. 水稻显性小粒基因Mi3(t)的遗传定位[J]. 中国水稻科学, 2005, 19(6): 511-515 .
[38] 刘二明,肖一龙,易有金,庄杰云,郑康乐,罗峰. 水稻品种抗瘟性表型与抗病基因同源序列相似性关系[J]. 中国水稻科学, 2005, 19(3): 209-216 .
[39] 赵海军, 吴殿星, 舒庆尧, 沈圣泉, 马传喜. 携带白化转绿型叶色标记光温敏核不育系玉兔S的选育及其特征特性[J]. 中国水稻科学, 2004, 18(6): 515-521 .
[40] 程式华, 庄杰云, 曹立勇, 陈深广, 彭应财, 樊叶杨, 占小登, 郑康乐. 超级杂交稻分子育种研究[J]. 中国水稻科学, 2004, 18(5): 377-383 .
[41] 王兴春, 杨长登, 李西明, 马良勇. 分子标记辅助选择与花药培养相结合快速聚合水稻白叶枯病抗性基因[J]. 中国水稻科学, 2004, 18(1): 7-10 .
[42] 寒川一成, 曾 娟, 钱忠海. 应用DNA标记分析稻飞虱的抗性基因[J]. 中国水稻科学, 2003, 17(ZK): 37-46 .
[43] 吴成李秀兰, 邓晓建, 李仁端, 杨志荣,. 一个新的水稻小粒矮秆突变基因的遗传鉴定[J]. 中国水稻科学, 2003, 17(2): 100-104 .
[44] 饶志明, 董海涛, 庄杰云, 柴荣耀3, 樊叶杨, 李德葆, 郑康乐,. 水稻稻瘟病菌胁迫应答cDNA片段的表达及定位[J]. 中国水稻科学, 2003, 17(2): 105-108 .
[45] 陶大云, 徐鹏, 李静, 杨友琼, 周家武, 胡凤益, Monty P. JONES ,. 栽培稻种间近等基因系杂种育性遗传及其基因定位[J]. 中国水稻科学, 2003, 17(1): 11-15 .
[46] 刘志岩 , 刘光杰, 寒川一成, 庄杰云, 陈深广, 沈君辉, 郑康乐. 水稻抗白背飞虱基因Wbph2的初步定位[J]. 中国水稻科学, 2002, 16(4): 311-314 .
[47] 马良勇,庄杰云,刘光杰,闵绍楷,李西明 . 水稻抗白背飞虱新基因Wbph6(t)的定位初报[J]. 中国水稻科学, 2002, 16(1): 15-18 .
[48] 谢建坤, 庄杰云, 樊叶杨, 屠国庆, 夏英武, 郑康乐. 水稻矮败型细胞质雄性不育恢复基因的定位[J]. 中国水稻科学, 2001, 15(3): 161-164 .
[49] 梁国华, 严长杰, 汤述翥, 翟文学, 朱立煌, 顾铭洪. BT型细胞质雄性不育恢复基因的基因定位[J]. 中国水稻科学, 2001, 15(2): 88-92 .
[50] 钟代彬 , 罗利军 , 梅捍卫 , 郭龙彪 , 王一平 , 余新桥 , 应存山 ,黎志康 ,. 水稻主茎总叶数及其相关性状的QTL分析[J]. 中国水稻科学, 2001, 15(1): 7-12 .
[51] 严长杰,李 欣,程祝宽,于恒秀,顾铭洪,朱立煌. 利用分子标记定位水稻芽期耐冷性基因[J]. 中国水稻科学, 1999, 13(3): 134-138 .
[52] 吴建利 ,庄杰云 ,李德葆 ,郑康乐 . 水稻对稻瘟病抗性的分子生物学研究进展[J]. 中国水稻科学, 1999, 13(2): 123-128 .
[53] 姜人春. 水稻品种抗虫性遗传研究进展[J]. 中国水稻科学, 1998, 12(4): 233-237 .
[54] 万丙良,张献龙. Xa21基因的分子生物学研究进展[J]. 中国水稻科学, 1998, 12(2): 115-118 .
[55] 吴玉良 ,何祖华 ,董继新 ,李德葆 ,林鸿宣 ,庄杰云 ,陆 军 ,郑康乐 . 水稻株高基因eui的初步分子定位[J]. 中国水稻科学, 1998, 12(2): 119-120 .
[56] 张小惠 ,朱旭东 ,钱 前 ,朱立煌 ,曾大力 ,曹立勇 ,王建林. 水稻新广亲和基因的初步分子定位[J]. 中国水稻科学, 1998, 12(1): 11-16 .
[57] 钱 前 ,熊振民 ,闵绍楷 ,朱立煌 . 水稻巨大胚基因的分子定位[J]. 中国水稻科学, 1996, 10(2): 65-70 .
[58] 李新海,邹德堂. 水稻东农415的抗瘟性基因分析[J]. 中国水稻科学, 1996, 10(2): 85-90 .
[59] 章琦 , 王春莲 , Jan E. Leach , R J Nelson , 苗东华 . 中国水稻白叶枯病菌群体结构的初步分析[J]. 中国水稻科学, 1995, 9(1): 7-14 .
[60] 万焕桥,张端品,谢岳峰. 风情2号白叶枯病抗性基因定位[J]. 中国水稻科学, 1993, 7(4): 217-221 .
[61] 林鸿宣,熊振民,闵绍楷, 吴明国, 俞桂林. 水稻雪禾矮早矮秆基因定位研究初报[J]. 中国水稻科学, 1993, 7(1): 17-20 .
版权所有 © 《中国水稻科学》编辑部 浙ICP备05004719号-5
地 址:浙江省杭州市体育场路359号   邮 编:310006   电 话:0571-63370278   E-mail:cjrs@263.net
本系统由北京玛格泰克科技发展有限公司设计开发  技术支持:support@magtech.com.cn